五軍都督府，管理全國的軍戶，下面有無數的都司，都司由五軍都督府直接負責。

        都司是明王朝設立在各省的省級最高軍事領導機關，其同管理民事的布政使司，管理刑事的按察使司，合稱三司。

        都司設都指揮使等官，每個都司管轄多個衛所，所轄衛所數目無定例，大體上以五千六百人為一衛，設立衛指揮使等官。

        每衛管轄五個千戶所，以一千一百二十人為一千戶所，設千戶等官。

        每千戶所管轄十個百戶所，以一百一十二人為一個百戶所，設百戶等官。

        每百戶所又管轄兩個總旗，設總旗官，每總旗及設五小旗。

        全國軍戶，均由五軍都督府直接管轄，而不受地方行政長官的約束。

        所有軍戶皆為世襲。每個軍戶的在衛軍士，其主要任務是在固定的衛所充當額軍，被稱為正丁。

        正丁子弟為次丁或余丁，正丁死亡，要由該軍戶的次丁、余丁依次遞補，若本戶絕嗣，則要由同族人遞補。

        五軍都督府雖是全國最高軍事機關，但只負責各都司衛所軍隊的管理和訓練。

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