每營設領兵官一人，每營兩哨，每哨設哨官一人，每哨配備福船二艘、海蒼一艘、艨艟二艘。

        這樣一來，登州水師共五營十哨，擁有大小戰船五十艘，官兵三干余人。

        平時，除中營專司嚴守水城基地外，其余四營各以一哨出海巡洋，其余在港內休整訓練，亦即常年有四哨二十艘戰船在海疆巡防。

        明水軍編制，在單船之上有「幫」，「每十只為一幫」。

        幫之上有「舟宗」，據《明史兵志》記載，「修飭海舟，大小相比，或百或五十聯為一舟宗」。

        各分屬沿海各水寨，每寨至少一腙計有福建五水寨、浙江寧海六總寨、山東萊州八總寨等，全國共計個水寨此外，沿海每百戶所和巡檢司還各配備戰船條，每千戶所條，每衛條。

        到了隆慶年間，魏廣德入閣后，深感山東衛所大量戰船分散，故將其中整個登萊附近衛所所有海船全部調入蓬萊水城，這才有了現在的登萊水師，駐泊地為蓬萊水城。

        蓬萊水城又稱登州水城、登州備倭城，是明洪武九年，為了保護作為海路樞紐的登州城，免遭當時活躍的倭寇和高麗海盜襲擊，于是在宋代供戰船停泊的刀魚寨基礎上，建造的設施完備的軍事要塞。

        雖然此時已經有了蓬萊水城，可和后世由右僉都御史、登萊巡撫孫元化打造的蓬萊水城相比，當然還是差上許多。

        后世遺留下的蓬萊水城，實際上是在現在基礎上進行了大規模改造，除了原本的夯土墻改造為夯土包磚外，部分明初城墻墻體也進行了大規模改造。

        甚至，孫元化還在此地摹仿當時歐洲流行的棱堡，建造了部分炮臺，使其真正從水城變成了海軍基地。

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