瑞科所在的硬漢團遭遇了蟲族重兵的埋伏，高中老師團長被殺，于是瑞科成為了新一任的硬漢團團長。但他也失去了對自己死心塌地的新女友迪茲·弗洛雷絲女二的人氣真的很高。

        得到關于腦蟲的關鍵線索后，硬漢團繼續挺近，在卡爾心靈感應的指引下，瑞科找到了腦蟲的所在地，在這里竟然還有前女友卡門，以及讓自己成為前男友的前女友卡門的現男友！！！。而這只腦蟲，正是人蟲之戰的關鍵所在。“P星腦蟲追獵戰”開啟。

        最終，瑞科掏出核彈震懾住了蟲子，人類破天荒地在P星上活捉了一只腦蟲，而高中時的好友卡爾隨即出現，接管了腦蟲開展研究，此時的他已是心靈戰略部隊的高級軍官。高中時的三個好友，重新聚首。

        腦蟲被捕，與此同時，各地的戰爭還在繼續。

        蟲族向新堪薩斯殖民地發射了一個蟲艙。當地人意識到蟲族的入侵后，警告當局并試圖逃離。然而，他們很快就慘遭蟲族的屠殺，附近的小鎮迅速被蟲海吞沒。最后機動步兵團趕到與蟲族血戰，最終以巨大的代價慘勝。史稱“新堪薩斯戰役”。

        稍后，《星河戰隊2：聯邦英雄》的劇情線開始。

        著名的祖魯阿爾法戰役。

        聯邦軍隊對蟲族展開全面進攻，本想一鼓作氣結束戰斗，但卻陷入了持久戰，不得不開始挖壕溝，建地堡，搭電網與蟲族鏖戰。在祖魯阿爾法星球上，與蟲族作戰的機動步兵隊英勇6組，陷入蟲族包圍，僅存的小分隊，逃到了三角洲酒店前哨站，尋求支援。在這里，士兵們不僅遭遇了成群的蟲族兵，還遭遇了可以寄生在人類體內，從而控制人類的新的蟲族兵種。這種智慧蟲通過口腔進入人的體內，達到神經控制的效果，并且還能在人體內繁殖，通過口腔感染給其他人。是蟲族用來消滅人類最新的武器。蟲族寄生了一個將軍，想讓將軍潛入聯邦的核心，擴大感染，擊潰人類。

        經過一番殊死搏斗，最終只有一個懷孕的女兵撒哈拉乘坐登陸艇逃離了蟲海，把蟲族最新武器的消息帶給了總部。

        而留下來與蟲族血戰到底的迪克斯，則成為“聯邦英雄”，銘牌被光榮的釘在了墻上。

        2303年，赫斯佩魯斯戰役。蟲族入侵了礦藏資源豐富的赫斯珀魯斯星球，這顆星球是聯邦為艦隊提供燃料的重要星球之一。于是聯邦立即予以反擊，最終奪回了星球。

        此戰過后，第一次人蟲戰爭告一段落，總共持續了5年多的時間。

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